Organami spółki PKS Polonus w Warszawie S.A. są:
- Walne Zgromadzenie Akcjonariuszy
- Rada Nadzorcza
Przewodnicząca Rady Nadzorczej – Wanda Fidelus-Ninkiewicz
Wiceprzewodniczący Rady Nadzorczej – Piotr Kazimierczak
Członek Rady Nadzorczej – Katarzyna Kucharek
Sekretarz Rady Nadzorczej – Przedstawiciel Pracowników – Piotr Zych
Członek Rady Nadzorczej – Przedstawiciel Pracowników – Kamil Kowalski
Zarząd Spółki:
Prezes Zarządu – Jacek Zawadzki
Członek Zarządu – Konrad Pisarek
Funkcję Prokurenta spółki pełnią:
Małgorzata Ostrowska
Edyta Sobolewska-Socha