Organami spółki PKS Polonus w Warszawie S.A. są:
- Walne Zgromadzenie Akcjonariuszy
- Rada Nadzorcza
Przewodniczący Rady Nadzorczej – Adam Edmund Fronczak
Wiceprzewodniczący Rady Nadzorczej – Paweł Stanisław Zięba
Członek Rady Nadzorczej – Agata Wicik
Sekretarz Rady Nadzorczej – Przedstawiciel Pracowników – Piotr Zych
Członek Rady Nadzorczej – Przedstawiciel Pracowników – Kamil Kowalski
Zarząd Spółki:
Prezes Zarządu – Piotr Smogorzewski
Członek Zarządu – Piotr Grzegorczyk